تبار کوروش از جانب پدرش به پارس‌ها می‌رسد که برای چند نسل بر انشان (شمال خوزستان کنونی)، در جنوب غربی ایران، حکومت کرده بودند. کوروش درباره خاندانش بر سفالینه استوانه شکلی محل حکومت آنها را نقش کرده‌است. بنیانگذار سلسله هخامنشی، شاه هخامنش انشان بوده که در حدود ۷۰۰ می‌زیسته‌است. پس از مرگ او، فرزندش چا ایش پیش به حکومت انشان رسید. حکومت چا ایش پیش نیز پس از مرگش توسط دو نفر از پسرانش کوروش اول شاه انشان و آریارامن شاه پارس دنبال شد. سپس، پسران هر کدام، به ترتیب کمبوجیه اول شاه انشان و آرشام شاه پارس، بعد از آنها حکومت کردند. کمبوجیه اول با شاهدخت ماندانا دختر آژی دهاک یا آستیاگ پادشاه ماد ازدواج کرد و کوروش بزرگ نتیجه این ازدواج بود.
تاریخ نویسان باستانی از قبیل هرودوت، گزنفون وکتزیاس درباره چگونگی زایش کوروش اتفاق نظر ندارند. اگرچه هر یک سرگذشت تولد وی را به شرح خاصی نقل کرده‌اند، اما شرحی که آنها درباره ماجرای زایش کوروش ارائه داده‌اند، بیشتر شبیه افسانه می‌باشد. تاریخ نویسان نامدار زمان ما همچون ویل دورانت و پرسی سایکس و حسن پیرنیا، شرح چگونگی زایش کوروش را از هرودوت برگرفته‌اند. بنا به نوشته هرودوت، آژی دهاک شبی خواب دید که از دخترش آنقدر آب خارج شد که همدان و کشور ماد و تمام سرزمین آسیا را غرق کرد.
آژی دهاک تعبیر خواب خویش را از مغ‌ها پرسش کرد. آنها گفتند از او فرزندی پدید خواهد آمد که بر ماد غلبه خواهد کرد. این موضوع سبب شد که آژی دهاک تصمیم بگیرد دخترش را به بزرگان ماد ندهد، زیرا می‌ترسید که دامادش مدعی خطرناکی برای تخت و تاج او بشود. بنابر این آژی دهاک دختر خود را به کمبوجیه اول شاه آنشان که خراجگزار ماد بود، به زناشویی داد.
ماندانا پس از ازدواج با کمبوجیه باردار شد و شاه این بار خواب دید که از شکم دخترش تاکی رویید که شاخ و برگهای آن تمام آسیا را پوشانید. پادشاه ماد، این بار هم از مغ‌ها تعبیر خوابش را خواست و آنها اظهار داشتند، تعبیر خوابش آن است که از دخترش ماندانا فرزندی بوجود خواهد آمد که بر آسیا چیره خواهد شد. آستیاگ بمراتب بیش از خواب اولش به هراس افتاد و از این رو دخترش را به حضور طلبید. دخترش به همدان نزد وی آمد. پادشاه ماد بر اساس خوابهایی که دیده بود از فرزند دخترش سخت وحشت داشت، پس زاده دخترش را به یکی از بستگانش بنام هارپاگ، که در ضمن وزیر و سپهسالـار او نیز بود، سپرد و دستور داد که کوروش را نابود کند. هارپاگ طفل را به خانه آورد و ماجرا را با همسرش در میان گذاشت. در پاسخ به پرسش همسرش راجع به سرنوشت کوروش، هارپاگ پاسخ داد وی دست به چنین جنایتی نخواهد آلود، چون یکم کودک با او خوشایند است.
دوم چون شاه فرزندان زیاد ندارد دخترش ممکن است جانشین او گردد، در این صورت معلوم است شهبانو با کشنده فرزندش مدارا نخواهد کرد. پس کوروش را به یکی از چوپان‌های شاه به نام میترادات (مهرداد) داد و از از خواست که وی را به دستور شاه به کوهی در میان جنگل رها کند تا طعمهٔ ددان گردد.
چوپان کودک را به خانه برد. وقتی همسر چوپان به نام سپاکو از موضوع با خبر شد، با ناله و زاری به شوهرش اصرار ورزید که از کشتن کودک خودداری کند و بجای او، فرزند خود را که تازه زاییده و مرده بدنیا آمده بود، در جنگل رها سازد. مهرداد شهامت این کار را نداشت، ولی در پایان نظر همسرش را پذیرفت. پس جسد مرده فرزندش را به ماموران هارپاگ سپرد و خود سرپرستی کوروش را به گردن گرفت.
روزی کوروش که به پسر چوپان معروف بود، با گروهی از فرزندان امیرزادگان بازی می‌کرد. آنها قرار گذاشتند یک نفر را از میان خود به نام شاه تعیین کنند و کوروش را برای این کار برگزیدند. کوروش همبازیهای خود را به دسته‌های مختلف بخش کرد و برای هر یک وظیفه‌ای تعیین نمود و دستور داد پسر آرتم بارس را که از شاهزادگان و سالـاران درجه اول پادشاه بود و از وی فرمانبرداری نکرده بود تنبیه کنند. پس از پایان ماجرا، فرزند آرتم بارس به پدر شکایت برد که پسر یک چوپان دستور داده‌است وی را تنبیه کنند.
پدرش او را نزد آژی دهاک برد و دادخواهی کرد که فرزند یک چوپان پسر او را تنبیه و بدنش را مضروب کرده‌است. شاه چوپان و کوروش را احضار کرد و از کوروش سوال کرد: «تو چگونه جرات کردی با فرزند کسی که بعد از من دارای بزرگ‌ترین مقام کشوری است، چنین کنی؟» کوروش پاسخ داد: «در این باره حق با من است، زیرا همه آنها مرا به پادشاهی برگزیده بودند و چون او از من فرمانبرداری نکرد، من دستور تنبیه او را دادم، حال اگر شایسته مجازات می‌باشم، اختیار با توست.
آژی دهاک از دلـاوری کوروش و شباهت وی با خودش به اندیشه افتاد. در ضمن بیاد آورد، مدت زمانی که از رویداد رها کردن طفل دخترش به کوه می‌گذرد با سن این کودک برابری می‌کند. بنابراین آرتم بارس را قانع کرد که در این باره دستور لـازم را صادر خواهد کرد و او را مرخص کرد. سپس از چوپان درباره هویت طفل مذکور پرسشهایی به عمل آورد. چوپان پاسخ داد: این طفل فرزند من است و مادرش نیز زنده‌است. اما شاه نتوانست گفته چوپان را قبول کند و دستور داد زیر شکنجه واقعیت امر را از وی جویا شوند.
چوپان ناچار به اعتراف شد و حقیقت امر را برای آژی دهاک آشکار کرد و با زاری از او بخشش خواست. سپس آژی دهاک دستور به احضار هارپاگ داد و چون او چوپان را در حضور پادشاه دید، موضوع را حدس زد و در برابر پرسش آژی دهاک که از او پرسید: «با طفل دخترم چه کردی و چگونه او را کشتی؟ پاسخ داد: پس از آن که طفل را به خانه بردم، تصمیم گرفتم کاری کنم که هم دستور تو را اجرا کرده باشم و هم مرتکب قتل فرزند دخترت نشده باشم، و ماجرا را به طور کامل نقل نمود. آژی دهاک چون از ماجرا خبردار گردید خطاب به هارپاگ گفت: امشب به افتخار زنده بودن و پیدا کردن کوروش جشنی در دربار برپا خواهم کرد.
پس تو نیز به خانه برو و خود را برای جشن آماده کن و پسرت را به اینجا بفرست تا با کوروش بازی کند. هارپاگ چنین کرد. از آنطرف آژی دهاک مغان را به حضور طلبید و در مورد کورش و خوابهایی که قبلن دیده بود دوباره سوال کرد و نظر آنها را پرسید.
مغان به وی گفتند که شاه نباید نگران باشد زیرا رویا به حقیقت پیوسته و کوروش در حین بازی شاه شده‌است پس دیگر جای نگرانی ندارد و قبلن نیز اتفاق افتاده که رویاها به این صورت تعبیر گردند. شاه از این ماجرا خوشحال شد. شب هنگام هارپاگ خوشحال و بی خبر از همه جا به مهمانی آمد. شاه دستور داد تا از گوشتهایی که آماده کرده‌اند به هارپاگ بدهند ؛ سپس به هارپاگ گفت می‌خواهی بدانی که این گوشتهای لذیذ که خوردی چگونه تهیه شده‌اند.سپس دستور داد ظرفی را که حاوی سر و دست و پاهای بریده فرزند هارپاگ بود را به وی نشان دهند .
هنگامی که ماموران شاه درپوش ظرف را برداشتند هارپاگ سر و دست و پاهای بریده فرزند خود را دید و گرچه به وحشت افتاده بود. خود را کنترول نمود و هیچ تغییری در صورت وی رخ نداد و خطاب به شاه گفت: هرچه شاه انجام دهد همان درست است و ما فرمانبرداریم.این نتیجه نافرمانی هارپاگ از دستور شاه در کشتن کوروش بود.
کوروش برای مدتی در دربار آژی دهاک ماند سپس به دستور وی عازم آنشان شد . پدر کوروش کمبوجیه اول و مادرش ماندانا از وی استقبال گرمی به عمل آوردند. کوروش در دربار کمبوجیه اول خو و اخلـاق والـای انسانی پارس‌ها و فنون جنگی و نظام پیشرفته آنها را آموخت و با آموزش‌های سختی که سربازان پارس فرامی‌گرفتند پرورش یافت. بعد از مرگ پدر وی شاه آنشان شد.